如何對二代測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量分析？

從事生物信息學(xué)分析的學(xué)生和工作人員都會接觸到二代測序數(shù)據(jù)，我們從測序公司拿到所需要的數(shù)據(jù)之后，首先最關(guān)心的問題就是測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量好不好，本文介紹一下如何對二代測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量分析(QC)

工具/原料

linux系統(tǒng)：ubuntu 或者 服務(wù)

fastqc

方法/步驟

1

安裝fastqc

注意將fastqc加入到系統(tǒng)環(huán)境變量中，以便于在終端或命令行中直接運行

具體安裝方法參考fastqc官方手冊

2

在命令行中直接運行命令

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file]

output dir指的是輸出結(jié)果路徑

extract參數(shù)指的是輸出結(jié)果是否解壓

-f 參數(shù) 是輸入文件的格式，指的是測序數(shù)據(jù)

3

運行fastqc：

fastqc seqfile1.fq seqfile2.fq

4

輸出結(jié)果：在output dir目錄下的一個壓縮文件(未壓縮)

通常我們只需關(guān)注如下幾個結(jié)果

1 每個位置的堿基測序質(zhì)量。通常我們一般認為從第二個堿基開始，平均每個堿基的測序質(zhì)量boxplot下四分位線在30分以上，則認為測序質(zhì)量非常好

5

2.每條序列的測序質(zhì)量 一般認為90%的reads測序質(zhì)量在35分以上，則認為該測序質(zhì)量非常好

6

3. ATCG堿基在各個位置上的分布 一般來說，AT含量高于CG含量，AT含量約28%，CG含量約22%。由于測序問題，通常第一二位置的堿基測序質(zhì)量比較低，ATCG含量也不正常。這種情況不影響數(shù)據(jù)質(zhì)量，如果實在介意，可在后續(xù)bowtie mapping的時候?qū)⑶皟蓚�堿基去掉

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